Наверное, я тоже не до конца понят. PDF можно открыть тем же Acrobat и, отредактировав, сохранить обратно.

pdftotext'ом можно вытащить текст обоих документов и сравнить. Не уверен, правда, что без граблей обойдётся.
diff покажет место исправления - можно решить, справедливо ли оно. Оставить тот pdf, что больше нравится.