Ну насчет того что "в принципе содержаться не может", не согласен. вот этот мой скрипт кроме fb2 поддерживает pdf, djvu и epub. И все эти форматы вполне умеют хранить в себе метаинформацию. Правда почему то ни в Doublin Core, ни в адобовских спецификациях понятие "серии" как в fb2 не предусмотрено. Поэтому связи между файлами действительно описать сложно.

Вообще на мой взгяд в библиотеке, по моему кроме алфавитного каталога по авторам и заглавиям и тематического каталога нужны еще региональный каталог (как у нас в факультетской библиотеке было). темпоральный каталог, причем по двум осям - период описываемый в книге и время ее написания, и каталог упоминаемых персоналий.