Вы не поняли, там встечаются абсолютно любые форматы, причем не только текстово-книжные, начиная с плайн текста и лексикона, заканчивая исо-образами и архивами неизвестных мне форматов с самым разнообразным содержимым, включая исходники и бинарники.

Под связью между файлами я имел в виду что-то вида: "этот файл является улучшенной копией того файла", серии-же конструкция искусственная и весьма спорно, нужно ли для их поддержки городить отдельный огород.

Я долго размышлял насчет каталогов и пришел к выводу, что вот это вот все (алфавитный, тематический и прочее) нужно было в первую очередь для бумажных библиотек, чтобы однозначно расставлять книги по полкам и чтобы было возможно хоть что-то там найти. Для библиотек электронных это все неактуально, поиск лучше чем любой каталог.

Даже тематический каталог сильно подробный не нужен. Это в бумажной библиотеке нужно с помощью каталога отобрать считанные единицы книг, т.к. ни один библиотекарь не потащит вам для посмотреть пару сотен томов. В электронной-же библиотеке это совершенно не проблема.