В момент загрузки файла наличествует информация лишь о файлах, загруженных до него. Следовательно, replaces инфоблок (если он вообще есть в заголовке fb2) может отнестись лишь к этим файлам.

Более поздний файл совершенно не обязательно более новый файл, поскольку акт загрузки файла и акт генерации fb2 никак в общем случае не связаны с актом творения текста. В базе либрусека мне попадались и менее очевидные сочетания, нежели "кто-то загрузил юболее старую версию с более нововй датой". Акт простановки связи replaces в общем случае творческая интерпретация информации в файле и сопутствующей (напр. внешнего относительно файла знания о сущности обновлений текста автором).