Я всегда делаю только pip install. Но, разумеется, не в системный Питон, а в виртуальные среды. В т.ч. и на виртуальных машинах, и в контейнерах. Системный Питон предназначен только для нужд дистрибутива. Два пакета я позволяю себе установить в системный Питон — pip install --break-system-packages virtualenv virtualenvwrapper.