Только. Если в репозиторий выкатывают обновление какого-то пакета, ему поднимают циферку в номере версии уже собственно пакета, а не софтины. То есть измениться in place пакет в репозитории не может. Обязательно новому содержанию (и новой sha256-сумме) будет соответствовать новое имя файла.