У Joplin есть еще такая штука как Joplin Server - ускоряет синхронизацию серьезно если данных реально _много_ (ну и позволяет шарить заметки через Web например). их Joplin Cloud вроде как на нем сделан. Самый простой вариант настройки да - Docker.
Так то можно хоть Dropbox хоть вообще S3 в качестве хранилища...