Если программа способна работать без конфига, значит ее мейнтейнер и не будет ставить в постинстолл скрипт вопросов с достаточно высоким приоритетом, чтобы их увидел обычный пользователь. Который, естественно, этот приоритет себе ни разу не low выставляет.

А что касается десктопного софта, хранящего конфигурацию в mysql, то просто не тащите в рот эту бяку.

Если пакетный менеджер по зависимосям тащит что-то странное, значит эту программу ставить не надо. Поищите аналог у которого менее извращенные авторы.

Пользователь обязан знать ЗАЧЕМ ему в системе каждый байт. Если он этого не знает, то пусть не обижается что все деньги с его кредитной карточки очутятся у того, кто это знает. (возможно, это будет Microsoft или Apple, и пользователь будет думать что отдал деньги добровольно)