Be careful what you wish for, уже придумали wayland

Вообще само по себе встраивание виртуальной клавиатуры в десктопный GUI без кардинального изменения внешнего вида не такая уж и проблема, есть же виртуальные клавиатуры. Да и Input Framework из MeeGo портировался в десктопный линукс и выглядит там вполне пристойно, хотя да, с точки зрения совместимости с идеологией X11 там проблемы.