(а) это не emacs, это GPG, верно?
(б) что происходит с файлами имакса на диске в этот момент? Отражается ли содержимое шифруемого буфера в них? До шифрования? Легко ли сделать так, чтобы имакс не "мусорил"?

В cryptote эти вопросы решены: программа ничего не пускает на диск в незашифрованном виде.

А пропустить открытый файл через внешнюю программу-фильтр можно на большинстве программных редакторов - это не совсем то, что нам надо на многопользовательской машине, верно?