Ах Вы про это!

В смысле, что пользователь может случайно удалить файл, принадлежащий какой-то программе, которая после этого перетанет правильно?

Рад Вам сообщить, что для этого есть понятие прав доступа. Устанавливать/удалять программы может только учётная запись администратора. Так что пользователь не может случайно удалить нужный системе файл.

К тому же, рабочее пространство пользователя -- его домашний каталог. Там он царь и бог. Может удалять что ему угодно.

Принцип таков: если у тебя нет прав делать что-то -- ты не должен этого делать.