Видимо, затем что МКС уже так спроектидрвана и построена. И исправить глюки в Союзе-У или даже довести "Дракон" - проще, чем дизайнить новый модуль для описаной схемы приема грузов и его выводить.

Опять же по предложенной вами схеме, при приеме грузов будут потери воздуха, существенно бОльшие, чем при стыковке. Тем более, если это часто делать.

Кроме того, стыковка позволяет использовать двигательную установку грузового корабля для коррекции орбиты станции. А если этого не делать, то станция сама с вероятностью 72% затопится, а с остальной - рухнет кому-нибудь на голову. Впрочем, может и совместить два этих ремесла, выпав на какой-нибудь супертанкер.