С файликами не все так просто. Когда конфигурация становится черезчур сложной, в файликах становится почти невозможно разобраться в оперативном порядке, и тут еще вопрос, что лучше -- база с конфигом и интерфейсом к нему или файлы со случайным синтаксисом и загадочными комментариями.

Самое лучшее, что есть на сегодняшний день имхо -- это язык конфигов у Cisco. Но сделать такой интерфейс конфигурирования к любой программе это куча трудозатрат, на которые не идет почти никто.