Журнал Витуса

Логично распространить эту парадигму также и на запуск программ.

Что-то очень похожее давно сделано и в Gnome, и в виндах. А в Debian вообще wm-independent система application menu есть.

Другое дело, что я бы постарался как-то извесли вообще понятие "запуск программы".
Когда мы работаем в командной строке, мы не "запускаем программы", а "выполняем команды". Понятие "запустить программу" возникает вместе с полноэкранными программами, которые меняют контекст.

Мне хочется интерфейс, который бы работал не в терминах программ (которые - сущность глубоко служебная), а в терминах, более близких к предметной области.

Собстенно, термин "открыть документ" гораздо лучше термина "запустить программу". Вопрос в том что программы много разнообразнее, чем "открывалки документов".
Поэтому надо придумать термины для тех видов деятельности за компьютером, которые не являются документ-ориентированными и оперировать в них. А как работа с этими сущностями будет там организована внутри- одна программа или куча взаимосвязанных компонент, это уже глубоко технический вопрос, на который пользователь обращать внимания не должен, как не обращает внимания пользователь shell-а на то, является команда echo встроенной командой шелла или отдельным исполняемым файлом /bin/echo